冻干保存

要从溶液中除去水分，常用的方法是在常温或高温下蒸发，但这样会加速生物活性物质的破坏，并改变这些物质的溶解度，所以不宜采用。要想在干燥过程中最大限度地减少生物活性物质的破坏，唯一的方法就是使溶液在低温下干燥。然而，温度的降低不但会使溶液凝固，还会使水的蒸气压力降低而难以挥发，这就需要大大降低气压使固态的水直接升华成水蒸气。冻干技术就是基于这种理论基础而产生的。

冻干是先将生物分子溶液中的水冻成冰，然后在低温和高真空下使水升华，留下固体干粉。现在已有多种型号的冻干机，适合于工业大规模的冻干和实验室中的小规模冻干。

蛋白质成分的保护

采集的生物样品中若含有少量的蛋白酶，会逐渐地降解样品中的蛋白质成分，因此必须对这些蛋白酶的活性加以抑制，通常在生物样品中加入适量的蛋白酶抑制剂便可起到理想的效果。常用的蛋白酶抑制剂有：PMSF（苯甲磺酰氟）、EDTA、胰蛋白酶抑制剂、胃蛋白酶抑制剂和亮抑蛋白酶肽。

低温保存

大多数蛋白质对热敏感，因此生物样品要低温保存。一般可根据蛋白质的用途决定其保存温度是4℃、-20℃还是-80℃，对一些特殊要求的生物样品，还需要保存于液氮（-196℃）中。

冻溶

蛋白质样品解冻时，勿直接由-20℃或-80℃移至37℃条件解冻，因为温度的剧烈改变易引起蛋白质凝集而发生沉淀。正确的解冻步骤是：将蛋白质从-20℃或-80℃转移至4℃条件下解冻1天，然后再转移至室温下溶解，在溶解过程中，要规则地均匀摇晃（小心勿产生气泡），使温度一致与成分均匀，以减少沉淀的发生。

运输

由于蛋白质性质不稳定，要选择符合蛋白质性质的保存方法，在保证蛋白质生物活性的条件下运输。若需要在低温条件下运输，可使用干冰降温。