实验材料的选取

分离纯化的实验材料一般来自于微生物的发酵液、酶反应产物、动植物组织器官、细胞与代谢产物。在设计实验时，宜选取来源丰富的材料、富含有效成分的生物品种、合适的组织器官，并在恰当的生长期取材。

实验材料的预处理

动物材料要去除与实验无关的结缔组织和脂肪组织；植物种子需要除壳；微生物需要将菌体和发酵液分开。此外，要尽量保持实验材料的新鲜，尽快处理；若近期不进行实验，应冷冻保存。

组织细胞的破碎

一般动物细胞可选择适当的裂解液，使用匀浆器或超声波处理破碎；植物细胞可使用纤维素酶或加入适当的提取液研磨破碎；细菌细胞可使用溶菌酶处理或超声波振荡等方法。若实验材料是体液或体外分泌物，细胞外分泌物则不必进行组织细胞的破碎处理。

细胞器的分离

若目标蛋白是分布在某一细胞器中的蛋白，在细胞破碎后，应该先将该细胞器分离出来，再从该细胞器中提取目标蛋白。一般采用差速离心法和等密度离心法分离细胞器。

提取

在组织细胞破碎过程中，大量的胞内酶及细胞内含物被释放出来，必须立即将其置于一定条件下和溶剂中，让制备物充分溶解，并尽可能保持原来的天然状态，避免因长久放置造成制备物的分解破坏，这就是提取。

提取蛋白质和酶时一般采用低温（5℃以下）操作。为了避免蛋白质在提取过程中的降解，可加人蛋白水解酶抑制剂（如二异丙基氟磷酸、碘乙酸等）；提取液的pH应选择在偏离等电点两侧的pH范围内，一般来说，碱性蛋白质用偏酸性的提取液提取，而酸性蛋白质用偏碱性的提取液；低浓度盐可促进蛋白质的溶解，称为盐溶作用。同时低盐溶液因盐离子与蛋白质部分结合，具有保护蛋白质不易变性的优点，因此在提取液中加入少量NaCl等中性盐，一般以0. 15mol/L浓度为宜。

一些和脂质结合比较牢固或分子中非极性侧链较多的蛋白质和酶，不溶于水、稀盐溶液、稀酸或稀碱中，可用乙醇、丙酮和丁醇等有机溶剂。它们具有一定的亲水性，还有较强的亲脂性，是理想的脂蛋白的提取液。

粗分离

利用盐析、透析、超滤、等电点沉淀、有机溶剂沉淀等方法，使目的蛋白与其他较大量的杂蛋白分开，同时浓缩目标蛋白。

分级分离

经过粗分离后，样品体积变小，纯度增加，即可进入高分辨率的分级分离阶段，主要采用的方法有电泳和柱层析。常用的电泳方法有：聚丙烯酰胺凝胶电泳、等电聚焦电泳等。常用的柱层析方法有：体积排阻层析（分子筛）、离子交换层析、亲和层析、疏水层析等。

经过若干步的分级分离后，可以得到纯度较高的目标蛋白制品。