毛细管区带电泳（capillaryzoneelectrophoresis,CZE）是毛细管电泳中最简单、最基本、应用最广泛的一种分离模式。毛细管内填充了具有一定缓冲能力的电解质溶液，电极槽内也灌有相同的缓冲液，在外加电场的作用下，样品中不同质荷比大小的组分将具有不同的迁移速度，从而得以分离。阳离子最先流出，其次为中性离子，阴离子最后流出。在毛细管区带电泳中，离子的迁移顺序和速度与所带电荷的类型、荷电量的多少及离子半径大小有关。CZE一般采用磷酸盐或硼酸盐缓冲液，所包括的实验条件包括缓冲液的浓度、pH、电压、温度和改性剂（如甲酸、尿素等）。需特别指出的是CZE不能分离中性离子，中性溶质电泳迁移为零与电渗流同时流出。

CZE的特点是操作简单、快速、分离效率高，应用范围广。从原理上讲可以适用于所有具有不同淌度的荷电粒子的分离，相对分子质量范围从十几的小分子离子到几十万的生物大分子。