肠球菌普遍存在于自然界，一般栖居在各种温血和冷血动物的腔肠甚至昆虫体内，也是健康人体的上呼吸道、口腔或肠道的常居菌。本菌可以引起心内膜炎、胆囊炎、脑膜炎、尿路感染及伤口感染等多种疾病。在人类粪便中的数量仅次于大肠菌群，每克成人的粪便中约含2X10⁸个。由于此污染指示菌比较大肠埃希氏菌类对外界环境温度适应性强、抵抗力强及耐受性强，甚至可以与多种抗生素相抵抗和生长营养要求不高，因此在自然界分布广，存活力持久。在无粪便污染的环境中较大肠菌更易发现，所以，即使检出肠球菌也没有粪便污染的指示作用。此外，即使在冷冻、干燥性和经中等强度加热处理的食品中检出肠球菌也不能提示肠道致病菌的存在，因为肠球菌比沙门氏菌、致病性大肠埃希氏菌类抵抗性及存活率均高。

食品微生物检验主要针对在10℃以下和45℃下可生长发育的粪肠球菌与屎肠球菌，二者在生化特性、DNA杂交结果有明显不同。在45℃条件下，用含叠氮钠成分的培养基检测此类指示菌是其主要特征。

目前该菌多作为生活饮用水、管道水和一些水质的指示菌。卫生学家认为，肠球菌类似于大肠菌群的生态活动，但其对恶劣的外环境和冷冻条件具有较强的抵抗力，作为监测水质卫生，环境卫生质量的污染指标更具有卫生学意义。另据有关报道，大量的（10⁹以上）肠球菌可以引起食物中毒，作为一个有卫生学意义的细菌（该菌的污染在某些食品中也常被发现），有些国家已经制定了针对肠球菌污染限量标准，大多制定在0-10⁵/g。从预防食物中毒方面，保障人民身体健康考虑，借鉴国外标准，制定适宜的污染限量指标，应尽快摆到议事日程上来。

肠球菌作为粪便污染指标菌比大肠埃希氏菌类群检测为佳的理由：①在粪便中肠球菌菌数比粪便大肠埃希氏菌类群菌数少很多；②在自然界不易增殖，因此在水或土壤等分布甚少；③食品制造时，经加热或冷冻，大肠埃希氏菌类比肠球菌容易受损或死亡。应用于测定生蔬菜及色拉、冷冻食品、肉制品及干燥食品，检测肠球菌作为评估加工设备之清洁和消毒的有效性。