有些常用的传代细胞带有潜伏病毒，如Hela细胞带有人乳头瘤病毒。尤其疱疹病毒、乳多空病毒科等DNA病毒及反转录病毒常以前病毒（provirus）的形式整合在细胞染色体中，存在于细胞质内，随细胞分裂可传到子代细胞中。利用动物细胞进行细胞培养时，有时在培养的细胞中存在潜伏病毒，在进行某种未知病毒分离鉴定时，常混淆视线，应加以注意。

1．细胞的直接观察

（1)对细胞培养状况做经常性观察，如细胞贴壁、繁殖速率、代谢活性、细胞形态等。

(2）对已培养了10代以上的细胞培养物，应注意检查有无病毒的污染，如做红细胞吸附试验，以检测带有血凝素的病毒。

(3)必要时应做包涵体检查。

2．动物接种检查将疑为病毒污染的细胞悬液接种乳鼠或成龄小鼠的脑内或腹腔内，检查有无柯萨奇病毒、单纯疱疹病毒等；采用家兔皮下注射，可检查鼻病毒等；采用鸡胚不同部位的接种，可检查流感病毒、痘类病毒等。

3．在异种培养物上检查

(1)在原代细胞上检查：将待检细胞悬液接种恒河猴肾、人胚肾、地鼠肾、兔肾或鸡胚细胞上培养7天，观察有无细胞病变。

(2)在传代细胞上检查：将待检的细胞悬液接种Hela, HL或D-6细胞等，观察有无细胞病变出现。

(3)电子显微镜观察：对怀疑污染的培养物进入特殊的包埋、制片。然后在电镜下观察，如发现细胞内有病毒颗粒，可确定有污染。

(4）免疫学方法：怀疑培养物受某种病毒污染时，可利用该病毒特异性抗体及标记荧光素或酶的抗抗体做免疫组化检查，受污染的细胞呈阳性反应。

(5）怀疑培养物受某种病毒时，利用相应病毒的DNA扩增引物，扩增特异的病毒DNA片段，测定有无病毒污染。

其他污染

细胞培养操作时，各细胞系（株）所需的器材和溶液必须严格分开，如操作不当，往往会使一种细胞被另一种细胞污染，特别是实验室之间交流最多的细胞，如HeLa,Hep-2,WI-38,小鼠3T3等细胞。目前世界上已有几十种细胞都被HeLa细胞所污染，甚至将这些被HeLa污染的细胞当成HeLa细胞在交流使用，如ERK/KD细胞是来自兔肾的细胞，现在却被认为是HeLa细胞在使用；又如在实验室交流使用的灵长类细胞系，现被发现是猴和鼠类细胞的混合物。这些污染过的细胞由于种类不纯，已无法用来进行实验研究。