毛细管凝胶电泳(capillary gel electrophoresis。CGE)

毛细管凝胶电泳是将板上的凝胶移到毛细管中作支持物进行的电泳，溶质的分离依赖于溶质的净电荷性质和分子大小两个因素。凝胶具多孔性，与分子筛相似，溶质能按分子大小逐一分离。凝胶粘度大，能降低溶质扩散，得到的峰形较尖黏，为CE中柱效最高的模式。但柱制备较复杂，寿命短，重现性不好。现已有人研究用黏度较小的线性聚合物，如甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素代替普通的聚丙烯酰胺，则可形成无凝胶、但仍有筛分作用的“无胶筛分”，分离能力稍逊，但柱价低，寿命长，重现性好，方便实用。CGE和无胶筛分广泛用于蛋白和DNA片段的分离，没有凝胶的筛分作用常不能分离大分子如DNA或SDS一蛋白质复合物。

毛细管等速电泳(capillary isotachophoresis，CITP)

毛细管等速电泳是在毛细管内进行的等速电泳。它和其它的电泳技术一样，也是根据样品的电泳淌度不同进行分离，常用于分离离子物质，但为了达到等速电泳分离，还须具备另二个特殊条件：一是特殊电解质系统，即要有一定pH缓冲能力的前导电解质(LE)和尾随电解质(TE)，样品离子的有效淌度应比TE的大，比LE的小，LE和TE构成不连续的电泳介质环境；另一是背景电流要小到足以克服区带电泳效应。

毛细管电色谱(capillary electrochromatography，CEC)

毛细管电色谱是HPLC和CE相结合的一种毛细管分离模式。它是在石英毛细管柱内填充HPLc用同定相或在毛细管壁键合固定相，以电场作用下产生的电渗流为流动相驱动力推动流动相进行的色谱过程，分离时同时存在色谱和电泳双重机制。CEC既保持CE高效、高分辨率和快速的特点，又可选择不同的固定相来提高选择性和扩大分离应用范围。cEC在分离中性粒子时，不需像MEKc那样使用表面活性剂，有利于和MS联用。亦可选用离子交换树脂对带电组分进行分离，还可以通过在固定相上键合手性选择剂或可用非手性固定相在缓冲液中加入手性选择剂进行手性化合物的拆分。由于毛细管填充及检测方面等问题，虽然CEC应用研究遇到了一些困难，但作为一种发展中的分离技术，和按照目前的发展势头，可以预计它将是CE中最有前途的方法之一。目前，CEC在药物分析方面的应用，主要集中在与药物相关的杂质分离和手性药物的分离，分析对象以中性药物和多环芳香化合物为主。

以上所述的几种模式各有利弊，用途不一，以CZE和MEKC最为方便和成熟，较常用。