色谱分离条件的选择将影响色谱柱的总分离效能，它与色谱柱、固定相、流动相(载气)、温度、进样等因素有关。在色谱总分离方程及速率理论指导下，以选择合适的分离条件。

填充色谱柱与固定相

1．柱长的选择

根据塔板公式，可知柱长和分离度的关系，增加柱长，分离度将随着柱长平方根的增加而增加，从而有利于组分问的分离。但增加柱长会使保留时间增加，从而延长分析时间，加宽色谱峰。因此柱子过长，总分离效能也不一定高。在一般情况下，对柱长的确定是只要难分离物质对的分离度R能达一个预期所需求的值即可。最简便的方法是先选一根极性适宜的任意长度的色谱柱测定分离度，而后再确定柱长是否适宜。

2．柱内径的选择

根据速率理论，色谱柱内径过大会使柱效下降，因此宜选择较小内径，一般为3～6mm。

3．载体粒度及其筛分范围的选择
根据速率理论，涡流扩散项A与载体粒度平均直径d，成正比。因此，为获得较高柱效能，通常要求载体粒度均匀细小，表面积大，孔径分布均匀。但粒度也不宜过细，否则将会使柱中阻力增加，柱内压降增大，同时也不易填充均匀，结果造成传质阻力系数c的增大，反而降低柱效。另外，载体的筛分范围也不能过宽，否则填充不规则因子A增大，A项也会增大。因此，载体直径一般宜取柱内径的1／25～1／20。对4～6mm内径的填充色谱柱，长柱可用60—80mm，短柱可用80～100mm。

4．固定液配比的选择

载体上涂渍的固定液的配比(指固定液与载体的质量比)的选择与载体的表面积和试样的沸点有关。

不同的载体其固定液的配比是不同的，一般说来，载体的表面积越大，固定液的用量可以越高。根据速率理论，为改善液相传质，降低固定液的配比，可使日变小，提高柱效，并缩短分析时间。但固定液的含量也不可太低，因为：①过低同定液含量将不能完全覆盖载体的表面，导致出现不对称峰，柱效下降；②固定液用量过少，容许的试样进样量也就愈少，对检测器灵敏度的要求也就愈高。固定液的配比与试样的沸点有关。