在确定了所有参数后，初步的固相萃取方法就建立起来了。接着就要应用这些参数对初步建立的固相萃取方法进行测试并对这些参数进行优化。

测试过程可分为两步：第一步是用添加已知浓度的目标化合物的水或缓冲溶液对方法进行测试；第二步是将已知浓度的目标化合物添加到与实际样品基质相同(严格地说应该是相近的)的空白样品中，如尿液、血液、食品、土壤、废水等，然后再重复进行与第一步相同的测试。

在第一步的测试中，主要是考察初步建立的方法回收率是否能够达到要求。如果回收率偏低，就必须找出原因，并对初步的SPE方法进行修正。在回收率偏低时，我们要回答以下的问题：

(a)在样品处理过程中是否有浓缩，如果有，目标化合物在浓缩过程中是否有损失?

(b)承载样品的容器是否会对目标化合物产生吸附?

(c)样品过柱时目标化合物是否按照设计方案保留在SPE柱上?萃取机理是否正确?pH是否合适?柱容量是否合适?流速是否过快?

(d)洗脱条件是否合适?

(e)洗涤条件是否合适?

下面我们就这些问题逐一地进行分析。造成回收率低主要因素有两类：第一类因素与固相萃取本身无关，如目标化合物不稳定，由于分解或挥发造成损失。例如甲基安非他明在浓缩过程中容易挥发，因此在对萃取馏分进行浓缩时，不能将溶剂挥干。否则甲基安非他明的回收率就会明显降低。另外，最好用洗脱溶剂作为标准样品的溶解溶剂来对分析仪器进行校正，以减少分析误差。目标化合物在样品容器内壁吸附也可能造成目标化合物损失。第二类因素与固相萃取有关。而与固相萃取有关的因素又可分为两种：一种是目标化合物没有按照设计的方案保留在SPE柱上。导致这种结果的原因可能是保留条件不合适，部分目标化合物在样品过柱时，随样品基质一起通过SPE柱；也可能是洗涤条件不合适，在洗涤过程中有部分目标化合物随杂质一起被洗出；另一种是洗脱条件不合适，有部分目标化合物在完成洗脱步骤后依然保留在SPE柱上。在实际操作中可以采用排除法将造成回收率偏低的可能的因素一个一个地排除，最后找出真正的原因。

要查找与固相萃取技术有关的回收率偏低影响因素，就要先验证固相萃取方法所采用的萃取机理是否合适。如果目标化合物与SPE柱之间完全或部分不是按照设计的萃取机理进行作用，当然不能指望得到满意的回收率。解决的方法就是根据目标化合物的性质重新选择合适萃取机理的SPE柱。需要考虑的另外一个十分重要的因素就是pH是否合适。如果萃取环境的pH不符合要求，会导致目标化合物不能按照设计方案将目标化合物保留在萃取柱上。如果是这个原因，就要调节样品的pH。采用非极性萃取机理时，要调节pH使目标化合物99％以上呈与离子交换吸附剂带相反电荷的离子状态。在样品添加过程中造成回收率偏低的可能性还有：目标化合物在SPE柱上的吸附作用过强，以致所选用的洗脱溶剂不能有效地将其洗脱。

这个问题将在下面考虑洗脱溶剂时进行探讨。如果萃取机理正确，但回收率依然偏低，就要考虑柱容量是否足够，是否发生了柱穿透。观察是否发生柱穿透的一个简单方法就是将两根相同填料的SPE柱串在一起，然后按照正常的萃取步骤进行操作，最后将两根SPE柱分开洗脱。如果在下面的SPE柱的洗脱馏分中发现了目标化合物，就说明在样品添加过程中发生了柱穿透。导致柱穿透的可能原因是上样量超过了柱容量，当SPE柱达到了饱和，继续添加的目标化合物就无法被SPE柱保留。解决方法是改用更大容量的SPE柱或减少样品量。另一个可能因素是样品基质本身的洗脱强度太强，以至目标化合物在样品过柱时不能被有效地保留。对于这个问题，可以用洗脱强度较弱的溶剂稀释样品解决这个问题，也可以改用保留能力更强的吸附剂。