用于定量的薄层色谱仪称为薄层扫描仪或薄层光密度计，用这种仪器对薄层上被分离的物质进行直接定量的方法称为薄层扫描法。目前各国生产的薄层扫描仪虽然型号不同，性能各异，但其测定的基本原理是相似的，即用一束长宽可以调节的一定波长、一定强度的光照射到薄层斑点上进行整个斑点的扫描，用仪器测量通过斑点或被斑点反射的光束强度的变化达到定量的目的。薄层扫描仪适用于滤纸、薄层或凝胶电泳板等色谱的光密度扫描。

由于薄层是由许多细小颗粒涂布成的半透明固体，当光照射到薄层表面时，除透射光、反射光外，还有相当多的散射光，因此与光照透明溶液不同，样品量与测得值之间呈非线性关系，特别是在高浓度区这种情况就更为明显，这就给定量工作带来困难，为此有以下三种途径来解决薄层上的定量问题。

①应用低浓度区定量在薄层色谱上样品量与测得值之间一般呈抛物线状，但在低浓度区样品量与测得值问可呈线性关系，因此在不具备线性化功能的薄层扫描仪上常用此法进行定量，但由于线性浓度范围有限，故应用上有一定限制。
②应用线性参数定量 光照到散射物质表面，光的行为比较复杂，Kubelka及Munk从理论上推导出简化的方程式，应用于薄层扫描，从实用角度解释光照到薄层上的变化情况。
③应用非线性方程定量 利用计算机先求出非线性方程，然后在测定样品时将测定值输入计算机，由此方程求出样品浓度。瑞士CAMAG公司的薄层扫描仪Ⅱ型即根据此原理进行测定，并认为这种方法更合理，测定得结果更准确可靠。

薄层扫描仪的基本用途

薄层定量工作最初是通过日视法或测面积法，对薄层上分离的样品斑点与标准品比较进行含量估计，由于方法粗糙，可引起较大误差。后来将斑点定量收集后，结合光度法或电化学分析法等进行定量，虽然准确度有所提高，但其操作复杂，工作效率低。结合薄层色谱法的特点设计的各种型号的薄层扫描仪，使薄层定量工作进入了仪器化、自动化的阶段，从而使薄层色谱法成为微量、快速定量分析的有力手段。
①定性一光谱测定 在薄层上被分离的斑点，除用辟值及斑点本身的颜色特征、荧光或用专属性显色剂显色后进行待测化合物的定性外，还可用薄层扫描仪在波长200～800nm之间进行斑点的原位扫描，测得该化合物的吸收曲线及最大吸收，一并与对照品比较从而对样品中该成分进一步确证。可对斑点光谱进行检索，可随时与分析样品或标准进行对比。
②定量一色谱测定 被分离的物质斑点在薄层扫描仪上选择合适的测定参数进行扫描，将测得斑点的面积值与已知量对照品斑点的面积值相比较，即可计算出样品中被分离待测成分的含量。有些薄层扫描仪与微处理机联用，可给出被测物质的浓度或百分含量。