与经典固相萃取不同，在MSPD中，由于样品基质成为吸附剂的一部分，洗脱溶剂在对目标化合物洗脱的过程中，不可避免地要与样品基质作用。也就是说，洗脱组分中很可能含有某些样品基质组分。根据Hines等的实验，当用C18与肝脏样品进行研磨后装柱洗脱，正己烷洗脱98％的甘油三酸酯，二氯甲烷洗脱98％的磷脂和甾酮，乙腈洗脱糖类和多羟基类化合物，水洗脱磷酸糖类化合物。溶剂对于蛋白质的洗脱强度是：甲醇>水>乙腈>乙酸乙酯。

由此可见，如果我们选用这些溶剂作为洗脱溶剂，所得到的洗脱组分中势必含有这些基质组分。因此，在MSPD洗脱中，我们应该选择洗脱溶剂在尽可能保留样品基质组分的前提下，最大限度地洗脱目标化合物。在许多情况下我们必须在回收率和洗脱组分的纯度之间寻找一个平衡点。这个平衡点就是在可以接受的回收率的前提下，尽可能减少样品基质组分的共洗脱。如果共洗脱杂质干扰对目标化合物的检测，就要使用其他净化手段对：MSPD萃取物进行净化处理，例如使用固相萃取除去杂质。

任何样品前处理方法都不是十全十美的，MSPD萃取也是如此。虽然MSPD具有一定的优点，但是该萃取技术不容易实现自动化。如果处理的样品数量多，手工操作的工作量将会很大。虽然经过MSPD萃取的样品可以直接进入仪器分析，但有时也需要进行进一步的净化，特别是对于脂肪含量较高的样品。

分散固相萃取

分散固相萃取(dispersive solid phase extraction，d-SPED与MSPD有相同之处，两者都是使用分散的固相萃取吸附剂而不是经典的固相萃取柱对样品进行萃取。但是，与MSPD不同，d-SPE是将固相萃取吸附剂颗粒分散在样品的萃取液中，而不是直接加入到原始样品中。d-SPE最典型的应用就是在多农药残留检测中使用的QuEChERS样品前处理方法。