药物和受体结合时，不但电性要相互适应，而且需要空间结构上的互补，药物与受体的互补程度愈大，则其特异性愈高，作用亦愈强。药物分子的构型、构象和特定基团的改变，都将影响药物和受体的互补性，从而影响药物的活性。

1．旋光异构

具有手性中心的药物称为手性药物，手性药物存在光学异构体，它们之间除了旋光性不同之外，有着相同的物理性质和化学性质，但其生物活性则有不同的情况，可分为：作用相同但作用强度（有无或大小）不同，作用完全不同，作用方式不同等几种类型。光学异构体对药理活性产生的影响、变化如下。

光学异构体具有等同的药理活性和活性强度：抗疟药氯喹

光学异构体具有相同的药理活性，但强弱不同：维生素C，活性为右旋体＞左旋体

光学异构体一个有活性，另一个没有活性：氯霉素，仅1R,2R-（-）-苏阿糖型有活性

光学异构体具有相反的活性（较少见）：利尿药依托唑啉：左旋体利尿，右旋体抗利尿

光学异构体具有不同类型的药理活性：S-（+）-索他洛尔有抗心律失常作用，R-R-（一）-索他洛尔为β-受体阻滞剂

2．几何异构

药物分子中的几何异构是由于双键或脂环等刚性或半刚性结构的存在，导致分子内旋转受到限制而产生的。一般来说，几何异构体的各基团间的距离不同，如果其中一个异构体能适应受体的立体结构，则其他异构体便不能与受体相适应。因而药物活性有很大差异。例如反式己烯雌酚的雌激素活性比顺式异构体强。

3．构象异构

分子内各原子或基团的空间排列因单键旋转而产生动态立体异构现象，为构象异构。自由能低的构象由于稳定出现概率高为优势构象。药物与受体相互作用时，能为受体识别并与受体结构互补结合的药物构象称为药效构象。药效构象并不一定是药物的优势构象。通过寻找药效构象可以确定与受体结合的情况，为新药设计提供信息。