药物化学分析的主要目的是测定样品中特定药物或药物代谢物的成分和含量。药物分析所涉及的样品主要包括人或动物的体液(血浆、血清、尿液、淋巴液等)，人或动物的肌体组织(皮肤、内脏、毛发、肌肉)，药用植物(秆、茎、叶、果实)以及各种成药药剂(片剂、注射液、丸剂、口服液)。目前，药物化学分析最常见的分析手段主要是高效液相色谱(HPLc)和液一质联用(LC／MS)等。

血浆、血清等样品中的主要干扰物为蛋白质、多肽、氨基酸和磷脂等。这些干扰物一方面可能在色谱分离中产生与目标化合物的色谱峰重叠的杂质峰，从而影响目标化合物的确认或定量的准确性；另一方面会对目标化合物在质谱仪中离子化产生影响，从而影响定量的准确性。肌体组织样品中的主要干扰基质与血浆样品类似，也是以蛋白质、多肽、脂肪和磷脂为主，同时脂肪和磷脂的影响要大于血浆和血清样品。此外，从肌体样品中提取目标化合物也有较大的难度。

因此，综合而言，肌体样品的前处理较血浆和血清样品的更加困难。尿液中通常蛋白质含量较低，而对于目标化合物的干扰主要来自体内的其他代谢物质。药用植物中的干扰物质也相当复杂，包括各种有机酸、有机碱、色素以及各种大分子物质。对于药用植物，首先需要选择合适的提取方法，在保证较高和稳定的目标化合物回收率的基础上，实现目标化合物与基质的最大程度的分离，得到含有较少干扰物的样品。在此基础上，再进一步进行液一液萃取或固相萃取净化。

对于西药制剂，干扰物质主要为一些非活性添加剂，如淀粉、色素等。对于中药制剂，由于活性成分为混合物，当测定某些特定物质时，会有来自各种中药成分的非常复杂的干扰。为得到较好的净化效果，通常需要依据被测化合物的特性设计对于被测化合物具有较强选择性的萃取方法，并且往往需要反复进行多次萃取。