近年来的研究发现：将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA (dsRNA）导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制（post-transcriptionalgene silencing, PTGS）被称为RNA干扰（RNAi) 。

RNAi现象在真菌、拟南芥、水螅、涡虫、锥虫、斑马鱼等大多数真核生物中被广泛地发现。由此表明RNAi很可能是出现于生命进化的早期阶段。随着研究的不断深入，RNAi的机制正在被逐步阐明，同时作为功能基因组研究领域中的有力工具，RNAi也越来越为人们重视。

生物化学和遗传学的研究表明，RNA干扰包括起始阶段和效应阶段。在起始阶段，加入的小分子RNA被切割为21-23个核苷酸长的小分子干扰RNA片段（small interfering RNAs, siRNAs )。研究表明：Dic-er酶是RNase III家族中特异识别双链RNA的一员，它能以一种ATP依赖的方式逐步切割由外源导入、转基因或者病毒感染等各种方式引入的双链RNA，将RNA降解为19-21bp的双链RNAs ( siRNAs )，每个片段的3’端都有2个碱基突出。

在RNAi效应阶段，siRNA双链结合一个核酶复合物，从而形成RNA诱导沉默复合物（RNA-induced silencing complex, RISC )。激活RISC需要一个ATP依赖的将小分子RNA解双链的过程。激活的RISC通过碱基配对定位到同源mRNA上，并在距离siRNA 3’端12个碱基的位置切割mRNA。尽管切割的确切机制尚不明了，但每个RISC都包含一个siRNA和一个不同于Dicer的RNA酶。

另外，还有研究证明，含有启动子区的dsRNA在植物体内同样被切割成21 - 23 nt长的片段，这种dsRNA可使内源相应的DNA序列甲基化，从而使启动子失去功能，使其下游基因沉默。