H2受体拮抗剂都具有两个药效部位：具碱性的芳环结构和平面的极性基团。

(1)碱性芳杂环或碱性基团取代的芳杂环。

(2)平面、极性的基团。例如西咪替丁的对应基团为氰基胍，雷尼替丁为硝基脲，法莫替丁则为氨基磺酰脒基，此外还有嘧啶酮，噻二唑等。这些基团都是平面的，在生理pH条件下离子化程度很低，能和受体形成一个以上的氢键。

(3)上述两个组成部分是通过一条易曲绕旋转的柔性原子链联接。链的长度为组胺侧链的2倍即4个原子。链的长度与拮抗性有关。