在药物构效关系研究中，将具有相同药理作用药物的化学结构中相同或相似的部分，称为相应类型药物的基本结构或药效结构。药物的基本结构决定结构特异性药物的生物活性，是结构特异性药物发生药效的必需结构部分。许多类药物都可以找出其基本结构。如磺胺类药物的基本结构为对氨基苯磺酰胺。

在药物的结构改造和新药设计中，基本结构不能改变，只能在非基本结构部分加以变化，以保证其衍生物既保持原有药物的作用，又具有各自特点。
如在确定磺胺类药物的基本结构后，用杂环取代N1上的氢可使药物活性增强，从而制成了一系列各有特点的磺胺类药物。