复杂的蛋白质分子在细菌分泌的蛋白质水解酶的作用下，在肽键处断裂，生成多肽和二肽。多肽和二肽在肤酶的作用下水解，生成各种氨基酸。二肽和氨基酸可被细菌吸收，氨基酸在体内脱氨基酶的作用下，经脱氨基作用生成氨。不同细菌在不同的条件下所进行的脱氨基作用的方式（氧化脱氨基、水解脱氨基、还原脱氨基）及代谢产物也不同，可借此鉴别细菌。如有些细菌能使色氨酸氧化脱氨基，生成吲哚、CO：和H,O。细菌还可以用脱梭酶使氨基酸脱羧，生成胺类（如组胺）和CO2 。

不同种类的细菌分解蛋白质的能力不同，具体试验方法有：①吲哚试验（靛基质试验）；②硫化氢试验；③明胶液化试验；④尿素酶试验；⑤苯丙氨酸脱氨酶试验；⑥氨基酸脱梭酶试验等。