菌落计数以菌落形成单位（colonyformingunits,CFU）表示。计数时选取菌落数在30-300CFU、无蔓延菌落生长的平板计数菌落总数。可用肉眼观察，必要时用放大镜或菌落计数器，记录稀释倍数和相应的菌落数量。低于30CFU的平板记录具体菌落数，大于300CFU的可记录为多不可计。

每个稀释度的菌落数应采用两个平板的平均数。如果其中一个平板有较大片状菌落生长时，则不宜采用，而应以无片状菌落生长的平板作为该稀释度的菌落数；若片状菌落不到平板的一半，而其余一半中菌落分布又很均匀，即可计算半个平板后乘以2，代表一个平板菌落数。当平板上出现菌落间无明显界线的链状生长时，则将每条单链作为一个菌落计数。

菌落总数的计算方法如下。

①若只有一个稀释度平板上的菌落数在适宜计数范围内，计算两个平板菌落数的平均值，再将平均值乘以相应稀释倍数，作为每克（每毫升）样品中菌落总数结果。

②若有两个连续稀释度的平板菌落数在适宜计数范围内时，按下列公式计算。

式中N——样品中菌落数；

∑C——平板（含适宜范围菌落数的平板）菌落数之和；

n1——第一稀释度（低稀释倍数）平板个数；

N2——第二稀释度（高稀释倍数）平板个数；

D——稀释因子（第一稀释度）。

③若所有稀释度的平板上菌落数均大于3000FU，则对稀释度最高的平板进行计数，其他平板可记录为多不可计，结果按平均菌落数乘以最高稀释倍数计算；若所有稀释度的平板菌落数均小于30CFU，则应按稀释度最低的平均菌落数乘以稀释倍数计算；若所有稀释度（包括液体样品原液）平板均无菌落生长，则以小于1乘以最低稀释倍数计算；若所有稀释度的平板菌落数均不在30-3000FU，其中一部分小于30CFU或大于3000FU时，则以最接近30CFU或3000FU的平均菌落数乘以稀释倍数计算。

菌落总数的报告如下。

菌落数小于IOOCFU时，按“四舍五人”原则修约，以整数报告；菌落数大于或等于100CFU时，第3位数字采用“四舍五人”原则修约后，取前2位数字，后面用0代替位数；也可用10的指数形式来表示，按“四舍五入”原则修约后，采用两位有效数字；若所有平板上为蔓延菌落而无法计数，则报告菌落蔓延；若空白对照上有菌落生长，则此次检测结果无效；称重取样以CFU/g为单位报告，体积取样以CFU/mL为单位报告。