1)背景断面应能反映水系未受污染时的背景值。因此要求：基本上不受人类活动的影响，远离城市居民区、工业区、农药化肥施用区及主要交通路线。原则上应设在水系源头处或未受污染的上游河段，如选定断面处于地球化学异常区，则要在异常区的上、下游分别设置。如有较严重的水土流失情况，则设在水土流失区的上游。

2) 入境断面，即对照断面，用来反映水系进入某行政区域时的水质状况，因此应设置在水系进入本区域且尚未受到本区域污染源影响处。

3）控制断面用来反映某排污区（口）排放的污水对水质的影响。因此应设置在排污区（口）的下游，污水与河水基本混匀处。控制断面的数量、控制断面与排污区（口）的距离可根据以下因素决定：主要污染区的数量及其间的距离、各污染源的实际情况、主要污染物的迁移转化规律和其它水文特征等。其中，还应考虑对纳污量的控制程度，即由各控制断面所控制的纳污量不应小于该河段总纳污量的80%。如某河段的各控制断面均有五年以上的监测资料，可用这些资料进行优化，用优化结论来确定控制断面的位置和数量。

4) 出境断面用来反映水系进入下一行政区域前的水质。因此应设置在本区域最后的污水排放口下游，污水与河水已基本混匀并尽可能靠近水系出境处。如在此行政区域内，河流有足够长度，则应设消减断面。消减断面主要反映河流对污染物的稀释净化情况，应设置在控制断面下游，主要污染物浓度有显著下降处。

5）省（自治区、直辖市）交界断面：省、自治区和直辖市的主要河流的干流、一、二级支流的交界断面，这是环保管理的重点断面。

6) 还应设置的各类监测断面：

①水系的较大支流汇入前的河口处，湖泊、水库、主要河流的出、入口应设置监测断面。

②国际河流出、入国境的交界处应设置出境断面和入境断面。

③国务院环保行政主管部门统一设置省（自治区、直辖市）界交界断面。

④对流程较长的重要河流，为了解水质、水量变化情况，经适当距离后应设置监测断面。

⑤水网地区流向不定的河流，应根据常年主导流向设置监测断面。

⑥对水网地区应视实际情况设置若干控制断面，其控制的径流量之和不少于总径流量的80%。

⑦有水工建筑物并受人工控制的河流，视情况分别在闸（坝、堰）上、下设置断面。如水质无明显差别，可只在闸（坝、堰）上设置监测断面。

⑧除管理断面外，要使各监测断面能反映一个水系或一个行政区域的水环境质量，断面的确定应在详细收集有关资料和监测数据基础上，进行优化处理，将优化结果与布点原则和实际情况结合起来作出决定。

⑨对于季节性河流和人工控制河流，由于实际情况差异很大，这些河流监测断面的确定，以及采样的频次与监测项目、监测数据的使用等，由各省（自治区、直辖市）环保行政主管部门自定。

⑩监测断面的设置数量，应根据掌握水环境质量状况的实际需要，考虑对污染物时空分布和规律的了解、优化的基础上，以最少的断面、垂线和测点取得代表性最好的监测数据。