刚出生时婴儿身上没细菌，但是几分钟内就开始建立皮肤菌群，稍后开始形成消化道菌群。大肠杆菌、乳杆菌、肠球菌，在分娩过程中就依附在婴儿身上，是第一批栖息在消化道里的定植菌。婴儿身上突然多了这么些细菌，个中原因会让恐惧细菌的人大惊失色：粪便细菌和非粪便细菌无处不在，人们每天都摄入许多。粪便细菌四处播散，从浴室到厨房工作台、书桌、冰箱把手、键盘、遥控器和复印机的按钮，都有它们的踪迹。不管什么东西，要是一再被不同的人触摸，就会含有粪便细菌。新生儿每次抓着玩具玩，或者是在地板上爬的时候，都会沾上这些细菌，然后他们还会咬自己的手或者其他东西。无独有偶，成人也会沾上粪便细菌，这被称为自体接种，就是在手触摸自己的嘴巴、眼睛或者鼻子的时候沾染上的。成年人一天之中双手会上百次摸到自己的脸，而孩子摸到自己脸的次数则更加频繁。

婴儿的消化道里有点氧气，所以最先在其中安居乐业的是需氧菌和兼性厌氧菌。大肠杆菌很早就寄居在肠道里，它们用光氧气；而后大量的厌氧菌开始称王称霸，常见的有类杆菌、双歧杆菌、肠球菌和链球菌。从口腔到消化道的远端，一个成人最终会容纳500-1000种不同种类的细菌，以及较少量的原生动物。

在所有细菌当中，病原菌只是一小撮，但“病菌”这个词只会带来不好的意味。即便如此，越来越多的微生物学家开始认识到，暴露在病菌环境下可能会有益处。20世纪80年代，德国儿科医生埃里卡•冯•穆蒂乌斯（ErikavonMutius）调查了发达国家哮喘和过敏发病率明显高于发展中地区的现象。她比较了生活在家务较差与定期清洁、家务较好的家庭中儿童的健康状况，结果发现，暴露在脏乱差环境下的孩子比干净的环境里的孩子更少出现呼吸问题。因此，冯•穆蒂乌斯提出，经常接触病菌也许能帮助孩子发育出更强大的免疫系统。

穆蒂乌斯的“卫生假说”遭到微生物学家的批评，也不出意料地被清洁用品制造商所指摘。儿科变态反应专家马克•麦克莫里斯（MarcMcMorris）支持这个假说，他说：“因为我们一直努力保护我们的孩子避免接触脏东西和病菌，所以天然免疫系统已经不像50年前那么有用了。”

持续使用消毒剂和抗菌香皂，是否会在基因的层面改变微生物，这个问题尚未有定论。医学微生物学家斯图亚特•利维(StuartLevy）提出，对抗生素和杀菌剂的过度使用，会让细菌对那些拟用来杀死它们的化学品产生抵抗能力。这些细菌也发展出对抗生素的耐药性。细菌借助一种类似泵的机制，从细胞内部排出有害的化学物质，也排出抗生素。如果细菌利用和排出抗生素一样的泵来排出化学消毒剂，那么就有可能诞生具有超级抗药性的新一代细菌。想象一下，在医院里，没有抗生素能阻止病原体，也几乎没有任何化学消毒剂能杀死它们。医生和微生物学家们警告说，医学正在一点点地步入这个场景。

人体帮助天然菌群来抗击接近皮肤的病原菌。泪水和唾液里的溶菌酶能杀死细菌，而含有脂肪酸的皮肤油脂对革兰氏阳性菌有抑制作用。要是这些防御都不见效，那么免疫系统就开动防御体系，寻找并破坏血管里的任何异物。

龋齿能引起更严重的牙齿和牙像疾病，要是口腔病变严重，还会造成血液感染。在牙菌斑上，变形链球菌、远缘链球菌，还有形形色色的乳酸杆菌（产生乳酸的细菌），通过生成酸启动龋齿的形成。乳酸、乙酸（醋中也有）、丙酸、甲酸分散在牙釉质上，通过脱矿作用，即移除钙这样的矿物质，来破坏牙釉质。脱矿作用一天发生好几次，构成一个循环，在这个循环里，新的膳食钙质以及牙膏中的磷酸盐和氟化物，取代了失去的矿物质。天然菌群一般不会引发感染，但龋齿是个例外。

在人体皮肤上，有的细菌会带来麻烦。皮肤细菌消耗外泌汗腺分泌的氨基酸、盐和水。这些腺体位于身体各处，产生大量的汗水，用以给身体降温。腋下、耳道、乳房和外生殖器里的顶浆分泌腺分泌更浓厚的汗水，滋养着细菌。人受到压力，或者接受性刺激的时候，这些腺体可能会更加激活。这些地方的皮肤细菌把汗水中的皮脂降解成微小的脂肪酸以及含氮和含硫的化合物，这些化合物，都会蒸发到空气里，引起体臭。

像葡萄球菌这样的细菌，大家身上都会有，但是每个人身上的天然菌群都是独一无二的，会产生独特的气味。科学家长期以来都在寻找所谓的信息素（pheromone）这种难以捉摸的分泌物，这种激素可以借助气味而促进人与人之间的交流。不过，我猜想，天然菌群的分泌物将会被证明是群体感应的人类版本。2009年，人类学家斯特凡诺•瓦里奥（StefanoVaglio）分析了刚刚分娩妇女汗水里的挥发性化合物，发现了独有的气味复合物，这可能有助于母婴识别。
除臭剂和肥皂产业花大笔的钱说服人们去阻止皮肤上细菌带来的自然产物。每周都有成百上千的除臭剂测试志愿者，成群结队地挺进除臭剂公司的气味室。志愿者们像警察列队那样，站成一排，举起胳膊。一队受过培训的嗅探员会全力给结果“打分”。专业的嗅探人员大多数都是妇女；2009年，莫内尔化学科学中心证实，相对于男人，妇女的嗅觉系统可以从体味中收集更多的信息。（嗅探员曾起誓说，即使蒙上眼睛，她们也能识别出自己的伴侣。）嗅探员根据腋下气味的评分，来评估最佳和最差的新型除臭剂；0分相当于没有气味，而10分则能把一屋子人熏走。